グループ内登録のアプリを別グループに移せるようになったり、アイコン未登録のアプリ(これは、各アプリ製作者側の問題で、このアプリが原因ではありません)ならば、自分でアイコンのスクリーンショットを撮ってカメラロールから読み込めるようになったり。
ただし、各アプリ側でURLスキーム情報が登録されていなければ、もともとこのアプリに追加して使うことはできません。かといって、それこそアプリ自体は星の数ほどもあるわけですから、URLスキーム登録可能なものについてはこのランチャーアプリの開発者側で全て調べて、事前に情報登録しておいて欲しいというのも、かなり無理筋な話だと思います。
ちなみに、メジャーどころのアプリでさえ、URLスキームをアプリ内に登録していないものも数多く見受けられます。多少の手間はかかりますが、自分で使いたいアプリのURLスキームを調べる方法は、Mac環境のみならず、Win環境でもちゃんとあります。そして、自分で調べてみて、URLスキームが存在していなければ、あきらめるか、使いたいアプリの開発者さんに直接お願いするかしかありません。
iPhoneを5Sにしたおかげで、登録可能なスペースも一段増えて、そういう点でもますます便利になりました。
sola723 about Launch Center Pro - Icon Maker, v2.2.1